En primer lugar la historia nos lleva al centro de Tokyo en Ikebukuro. Nuestro protagonista Ryuugamine Mikado es un chico que busca la emocionante vida de la gran ciudad, debido a lo que su amigo de la infancia Kida Masaomi lo invita a transferirse a una escuela en la zona de Ikebukuro. Masaomi le advierte acerca de los peligros que rondan por la zona lo que logra que Mikado se...

Iori Kitahara se muda a la ciudad costera de Izu para su primer año en la universidad, y reside en Grand Blue, la tienda de buceo de su tío. Iori tiene grandes esperanzas y sueños de tener la experiencia universitaria ideal, pero cuando ingresa a la tienda se ve envuelto en las actividades alcohólicas de los miembros despreocupados del Club de Buceo que frecuentan el lugar...

La historia tiene lugar en una metrópolis ficticia conocida como Ciudad Z, en Japón. El mundo se ve invadido por extraños monstruos que aparecen misteriosamente y que causan numerosos desastres a la población. Saitama es un poderoso superhéroe calvo que derrota fácilmente a los monstruos...

La historia del anime se inicia aproximadamente 6 meses después de la derrota de Majin Boo, cuando la Tierra se ha convertido nuevamente en un lugar pacífico, y retrocontinuando con los acontecimientos de las películas Dragon Ball Z: la batalla de los dioses y Dragon Ball Z: Fukkatsu no F, además de contar la historia posterior a estos acontecimientos.

Dr. Stone cuenta la historia de dos adolescentes, Senku y Taiju; Senku se caracteriza por ser sumamente inteligente además de pertenecer al club de química de su escuela mientras que Taiju, no es demasiado inteligente como él, pero lo compensa con su gran fuerza física y que está enamorado...

El joven Taki vive en Tokio: la joven Mitsuha, en un pequeño pueblo en las montañas. Durante el sueño, los cuerpos de ambos se intercambian. Recluidos en un cuerpo que les resulta extraño, comienzan a comunicarse.